لقد تم إنشاء هذه الجامعة عام 1980 الميلادي بعد مصادقة المجلس الأعلي للثورة الإسلامية. بدأت الجامعة نشاطاتها تحت إشراف مجمع محققي ومدرسي الحوزة العلمية لمدينة قم حيث کانت تحمل اسم "المعهد العالي للقضاء".

بدأ المعهد يستقبل طلاب الحوزة العلمية بشکل رسمي عام 1981 الميلادي غير أنه وبعد موافقة المجلس الأعلي للثورة الثقافية، قام باستقبال حاملي الشهادة الثانوية عام 1986 الميلادي. تحول المعهد العالي للقضاء إلي الجامعة عام 1999 الميلادي. تطورت الجامعة في مدة قصيرة تطورا ملحوظا حيث بلغ عدد الفروع التي کان يتم فيها تخريج الطلبة من 12 فرعا عام 1997 الميلادي إلي 30 فرعا عام 2001 الميلادي. تضم جامعة قم 6 کليات، ومراکز للبحوث والدراسات، و97 فرعا دراسيا فيتولي التعليم فيها أکثر من 300 أستاذا. تحتضن الجامعة أکثر من 8 آلاف من أبناء الشعب الإيراني.  

الجدير بالذکر أن جامعة قم مبنية علي أرض تفوق مساحتها 140 هکتارا وهي من الجامعات التي يتم فيها فصل الجنسين.